勤怠がシフト制になっている企業では従来のタイムレコーダによる勤怠管理とは別にシフト作成用のシステムを組んでいるケースがあります。これらは連携していない場合が多く、それぞれ締め日にチェックすることが多いようです。しかし、手間がかかる部分であり、また、本来、連携しなくてはならない業務でもあるので両方を利用しやすくしたシステムが開発されてきています。勤怠システムでのシフト管理は主に作成、実施、チェックとそれぞれの機能が必要です。
シフト作成では自動作成や従業員からの要望を踏まえた作成、随時修正機能などが必要ですが、特に自動作成においては勤務時間や制限項目などをふまえて各種条件で作成されます。特に休日や夜勤開けなどの時間調整はこれまで手動で調整されるケースが多かった部分ですが、自動作成する際にも条件として設定できるようになったことで大幅に機能が向上しています。シフトついては変更、交換が多く発生しますが、勤怠システムでは柔軟に対応できる仕組みが導入されています。特に急な休みでシフトが大幅に変わるようなケースでも勤怠システムは勤怠状況への反映と同時にシフト変更が可能となっています。
各種シフトは印刷して渡されますが、システムによっては掲示板のようにインターネット上から確認できるようになっており、どこでも確認できる仕組みとなってきています。また、シフトの募集や翌月の要望などを聞ける機能もあり好評を得ています。